Škocjanski zatok je naravni rezervat, ki se nahaja v neposredni bližini Kopra in predstavlja preostanek morja, ki je nekoč obdajalo mesto. Škocjanski zatok je bil nekoč morski zaliv, ki sta ga počasi zasipavali rečici Badaševica in Rižana in se je zamočviril. Tu se mešata slana in sladka vode- somornica
Škocjanski zatok je polslana laguna v neposredni bližini Kopra. Ujet je med mestom in Luko Koper na eni ter železnico in obalno štiripasovnico na drugi strani. Velja za največje brakično mokrišče pri nas in je pribežališče številnih vrst ptic, dvoživk in plazilcev ter primerno rastišče za številne močvirne in slanoljubne rastline. Svoj dom pa so našle tudi druge živalske vrste kot so boškarini in kamarški konji.